El 23 de agosto de 1500, registra la Llegada a La Española del comendador Francisco de Bobadilla para sustituir a Colón como Gobernador de la isla.

Bobadilla gobernador y Colón a Castilla

Tras la pesquisa realizada en la que quedaron bien claras las malas costumbres del almirante Cristóbal Colón y sus hermanos en las tareas de gobierno, Francisco de Bobadilla se puso manos a la obra en su cometido sin más dilación. Trató de normalizar las relaciones entre los españoles y el gobierno de la Española concediendo todo lo que estuvo en su mano para que la isla comenzase a ser una tierra pací­fica, productiva y lo más desarrollada posible.

Potenció la agricultura para mejor el abastecimiento de la Española vendiendo y entregando tierras para su cultivo, continuó ampliando la nueva ciudad de Santo Domingo trazando nuevas calles y repartiendo parcelas para la construcción de nuevas casas, pagó todos los sueldos adedudados por el almirante e incentivó la extracción de oro en Haina y Cibao liberalizando las cantidades a extraer y aplicando generosas exenciones fiscales. Todas estas medidas iban destinadas a desarrollar la economí­a local en detrimento de los beneficios inmediatos que se pudiesen obtener para la corona. Aunque, evidentemente, cuanta mayor independencia económica tuviese la isla menos gastos le supondrí­a a las arcas reales.

Poco más puede decirse del perí­odo de casi dos años en que el comendador de Calatrava Don Francisco de Bobadilla gobernó la Española y no porque no hiciese nada sino porque gran parte de la documentación sobre sus actividades se fue con él al fondo del mar en el naufragio de su barco de vuelta a España.

Los problemas con los colonos españoles fueron sofocados pero con los indí­genas continuaron produciéndose rebeliones y levantamientos esporádicos ya que éstos no terminaban de aceptar los tributos que se les imponí­a y las duras tareas que tení­an que realizar en las tierras y en las minas, lugar éste en el que por primera vez se introdujo la mano de obra india. Continuaron teniendo lugar los crueles repartimientos creados por Colón y el drástico cambio de forma de vida comenzó a tener efectos nocivos en la población indí­gena, que empezó a huir hacia las montañas tratando de escapar de este nuevo estilo de vida a la europea.

Mientras tanto Cristóbal Colón y sus hermanos arribaron a Castilla en diciembre de 1500. Los reyes, al saber que habí­an llegado esposados, les liberaron inmediatamente y se excusaron manifestándole que ellos no habí­an deseado en ningún momento ese trato tan humillante. Sin embargo, es sabido que el capitán de la carabela que los transportaba Don Alonso de Vallejo les ofreció quitarles las cadenas para un viaje más cómodo, pero se negaron ya que sabí­an el impacto que tendrí­a en Castilla llegar de esta guisa.

Los reyes habí­an perdido toda la confianza en Colón pero seguí­an valorándole como el gran navegante que era, por lo que optaron en una hábil maniobra por continuar utilizándolo como tal permitiéndole realizar una nueva expedición en busca de ese estrecho que llevase hacia Asia y sus riquezas. Pero en el aspecto polí­tico no le devolvieron ni sus privilegios ni sus cargos de Virrey y Gobernador a pesar de que el almirante los solicitó.